MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 plasmid pRMB

Total Repeats: 274

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016939	T	6	6	51	56	0 %	100 %	0 %	0 %	378750098
2	NC_016939	TATTT	2	10	69	78	20 %	80 %	0 %	0 %	378750098
3	NC_016939	TTC	2	6	217	222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750098
4	NC_016939	TTA	2	6	432	437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750099
5	NC_016939	TCTT	2	8	446	453	0 %	75 %	0 %	25 %	378750099
6	NC_016939	A	6	6	517	522	100 %	0 %	0 %	0 %	378750099
7	NC_016939	AGAAA	2	10	587	596	80 %	0 %	20 %	0 %	378750099
8	NC_016939	AAT	2	6	628	633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750099
9	NC_016939	ATT	2	6	677	682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750099
10	NC_016939	ACC	2	6	688	693	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378750099
11	NC_016939	AT	3	6	698	703	50 %	50 %	0 %	0 %	378750099
12	NC_016939	GTA	2	6	740	745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750099
13	NC_016939	AT	3	6	771	776	50 %	50 %	0 %	0 %	378750099
14	NC_016939	AAG	2	6	807	812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750099
15	NC_016939	GAAG	2	8	827	834	50 %	0 %	50 %	0 %	378750099
16	NC_016939	A	6	6	835	840	100 %	0 %	0 %	0 %	378750099
17	NC_016939	TAAT	2	8	858	865	50 %	50 %	0 %	0 %	378750099
18	NC_016939	AG	3	6	954	959	50 %	0 %	50 %	0 %	378750099
19	NC_016939	CAG	2	6	975	980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378750099
20	NC_016939	ATA	2	6	1008	1013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750099
21	NC_016939	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	378750100
22	NC_016939	A	7	7	1130	1136	100 %	0 %	0 %	0 %	378750100
23	NC_016939	TAC	2	6	1137	1142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750100
24	NC_016939	AGA	2	6	1227	1232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750100
25	NC_016939	GGC	2	6	1257	1262	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378750100
26	NC_016939	AGG	2	6	1264	1269	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378750100
27	NC_016939	AAT	2	6	1287	1292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750100
28	NC_016939	TA	3	6	1314	1319	50 %	50 %	0 %	0 %	378750100
29	NC_016939	AAT	2	6	1539	1544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750101
30	NC_016939	TAT	2	6	1581	1586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750101
31	NC_016939	TAA	2	6	1599	1604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750101
32	NC_016939	TAC	3	9	1617	1625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750101
33	NC_016939	T	7	7	1637	1643	0 %	100 %	0 %	0 %	378750101
34	NC_016939	AT	3	6	1647	1652	50 %	50 %	0 %	0 %	378750101
35	NC_016939	AG	3	6	1693	1698	50 %	0 %	50 %	0 %	378750101
36	NC_016939	ATT	2	6	1705	1710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750101
37	NC_016939	TTAAAG	2	12	1719	1730	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378750101
38	NC_016939	T	7	7	1747	1753	0 %	100 %	0 %	0 %	378750101
39	NC_016939	T	6	6	1757	1762	0 %	100 %	0 %	0 %	378750101
40	NC_016939	TGA	2	6	1830	1835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750101
41	NC_016939	TAG	2	6	1875	1880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750101
42	NC_016939	TGT	2	6	1916	1921	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750101
43	NC_016939	T	6	6	1938	1943	0 %	100 %	0 %	0 %	378750101
44	NC_016939	ATAA	2	8	1979	1986	75 %	25 %	0 %	0 %	378750101
45	NC_016939	ATGA	2	8	2888	2895	50 %	25 %	25 %	0 %	378750102
46	NC_016939	TAA	2	6	2962	2967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
47	NC_016939	TGT	2	6	2977	2982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750102
48	NC_016939	TAA	2	6	3043	3048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
49	NC_016939	ATT	2	6	3250	3255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750102
50	NC_016939	AT	3	6	3330	3335	50 %	50 %	0 %	0 %	378750102
51	NC_016939	AT	3	6	3382	3387	50 %	50 %	0 %	0 %	378750102
52	NC_016939	TGC	2	6	3408	3413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750102
53	NC_016939	TAAT	2	8	3432	3439	50 %	50 %	0 %	0 %	378750102
54	NC_016939	CTT	3	9	3463	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750102
55	NC_016939	AAC	2	6	3564	3569	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750102
56	NC_016939	TGTA	2	8	3644	3651	25 %	50 %	25 %	0 %	378750102
57	NC_016939	TAA	2	6	3652	3657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
58	NC_016939	CTG	2	6	3693	3698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750102
59	NC_016939	TAG	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750102
60	NC_016939	TTC	2	6	3769	3774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750102
61	NC_016939	TACA	2	8	3963	3970	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
62	NC_016939	TACA	2	8	4035	4042	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
63	NC_016939	TACA	2	8	4107	4114	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
64	NC_016939	TACA	2	8	4179	4186	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
65	NC_016939	TACA	2	8	4251	4258	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
66	NC_016939	TACA	2	8	4323	4330	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
67	NC_016939	TACA	2	8	4395	4402	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
68	NC_016939	TACA	2	8	4467	4474	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
69	NC_016939	AT	3	6	4499	4504	50 %	50 %	0 %	0 %	378750102
70	NC_016939	ATT	2	6	4509	4514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750102
71	NC_016939	ACC	2	6	4543	4548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378750102
72	NC_016939	CAT	2	6	4580	4585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750102
73	NC_016939	GAT	2	6	4586	4591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750102
74	NC_016939	TAT	2	6	4956	4961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750103
75	NC_016939	AT	3	6	4970	4975	50 %	50 %	0 %	0 %	378750103
76	NC_016939	TGAA	2	8	5000	5007	50 %	25 %	25 %	0 %	378750103
77	NC_016939	CAA	2	6	5008	5013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750103
78	NC_016939	CCCT	2	8	5077	5084	0 %	25 %	0 %	75 %	378750103
79	NC_016939	ATCA	2	8	5094	5101	50 %	25 %	0 %	25 %	378750103
80	NC_016939	TAAA	2	8	5105	5112	75 %	25 %	0 %	0 %	378750103
81	NC_016939	TCT	2	6	5118	5123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750103
82	NC_016939	AAC	2	6	6061	6066	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750104
83	NC_016939	ATG	2	6	6112	6117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
84	NC_016939	ATT	2	6	6119	6124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
85	NC_016939	GAGC	2	8	6137	6144	25 %	0 %	50 %	25 %	378750104
86	NC_016939	TGC	2	6	6149	6154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750104
87	NC_016939	ATT	2	6	6172	6177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
88	NC_016939	A	6	6	6254	6259	100 %	0 %	0 %	0 %	378750104
89	NC_016939	TGT	2	6	6272	6277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750104
90	NC_016939	A	6	6	6293	6298	100 %	0 %	0 %	0 %	378750104
91	NC_016939	TAG	2	6	6377	6382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
92	NC_016939	TGC	2	6	6418	6423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750104
93	NC_016939	TAT	2	6	6424	6429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
94	NC_016939	AAC	2	6	6459	6464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750104
95	NC_016939	AAGA	2	8	6469	6476	75 %	0 %	25 %	0 %	378750104
96	NC_016939	TAG	2	6	6502	6507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
97	NC_016939	ATT	2	6	6554	6559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
98	NC_016939	CTTG	2	8	6602	6609	0 %	50 %	25 %	25 %	378750104
99	NC_016939	TGA	2	6	6629	6634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
100	NC_016939	A	8	8	6645	6652	100 %	0 %	0 %	0 %	378750104
101	NC_016939	ATG	2	6	6663	6668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
102	NC_016939	AGT	2	6	6741	6746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
103	NC_016939	TACATT	2	12	6771	6782	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378750104
104	NC_016939	AGCT	2	8	6835	6842	25 %	25 %	25 %	25 %	378750104
105	NC_016939	TAAA	2	8	6862	6869	75 %	25 %	0 %	0 %	378750104
106	NC_016939	AT	3	6	6908	6913	50 %	50 %	0 %	0 %	378750104
107	NC_016939	TGA	2	6	6914	6919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
108	NC_016939	TAA	2	6	7001	7006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750104
109	NC_016939	CTT	3	9	7396	7404	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750105
110	NC_016939	CT	4	8	7419	7426	0 %	50 %	0 %	50 %	378750105
111	NC_016939	CCAT	2	8	7442	7449	25 %	25 %	0 %	50 %	378750105
112	NC_016939	ATCT	2	8	7623	7630	25 %	50 %	0 %	25 %	378750105
113	NC_016939	AT	3	6	7647	7652	50 %	50 %	0 %	0 %	378750105
114	NC_016939	GCC	2	6	7699	7704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378750105
115	NC_016939	TTTCT	2	10	7714	7723	0 %	80 %	0 %	20 %	378750105
116	NC_016939	TGA	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750105
117	NC_016939	A	6	6	8386	8391	100 %	0 %	0 %	0 %	378750106
118	NC_016939	TGA	2	6	8421	8426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750106
119	NC_016939	CA	3	6	8462	8467	50 %	0 %	0 %	50 %	378750106
120	NC_016939	AGA	2	6	8475	8480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750106
121	NC_016939	GCA	2	6	8570	8575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378750106
122	NC_016939	AAG	2	6	8598	8603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750106
123	NC_016939	AG	3	6	8643	8648	50 %	0 %	50 %	0 %	378750106
124	NC_016939	CAT	2	6	9073	9078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
125	NC_016939	ATC	2	6	9117	9122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
126	NC_016939	AAT	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
127	NC_016939	AT	3	6	9221	9226	50 %	50 %	0 %	0 %	378750107
128	NC_016939	TTA	2	6	9243	9248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
129	NC_016939	T	6	6	9260	9265	0 %	100 %	0 %	0 %	378750107
130	NC_016939	A	6	6	9274	9279	100 %	0 %	0 %	0 %	378750107
131	NC_016939	GAA	2	6	9317	9322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750107
132	NC_016939	T	7	7	9335	9341	0 %	100 %	0 %	0 %	378750107
133	NC_016939	ATT	2	6	9352	9357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
134	NC_016939	AATAC	2	10	9380	9389	60 %	20 %	0 %	20 %	378750107
135	NC_016939	GTT	2	6	9403	9408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750107
136	NC_016939	TTA	2	6	9443	9448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
137	NC_016939	TTAT	2	8	9460	9467	25 %	75 %	0 %	0 %	378750107
138	NC_016939	ATA	2	6	9476	9481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
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268	NC_016939	GTA	2	6	14737	14742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750109
269	NC_016939	ATA	2	6	14775	14780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750109
270	NC_016939	ATA	2	6	14787	14792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750109
271	NC_016939	TGAT	2	8	14815	14822	25 %	50 %	25 %	0 %	378750109
272	NC_016939	TGG	2	6	14826	14831	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378750109
273	NC_016939	TA	3	6	14941	14946	50 %	50 %	0 %	0 %	378750109
274	NC_016939	TAT	2	6	14949	14954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750109

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.